Paprotniki dzielimy na trzy typy:
- Widłaki
- Skrzypy
- Paprocie
W zależności od tego czy widłaki są jednozarodnikowe czy też różnozarodnikowe, wyróżniamy ich różną budowę. W przypadku jednozarodnikowych, produkują one takie same zarodniki, gdyż same są obupłciowe. Ich gametofit jest jednopienny i bulwiasty. Występuje pod ziemią w symbiozie z grzybami. Natomiast ich sporofit to ulistniona łodyżka z jedną wiązką przewodzącą.
Natomiast w przypadku widłaków różnozarodnikowych, czyli takich które twarzą dwa rodzaje zarodników. Ich sporofit jest skróconą, bulwiastą łodygą która posiada długie i ostre liście.
Można jeszcze wymienić widliczki, jako niewielkie rośliny które posiadają łodyżkę rozgałęzioną i liście z języczkiem. Na szczytach liści znajdziemy kłos zarodnionośny. Widliczki są różnozarodnikowe i posiadają dwupienny gametofit.
Skrzypy możemy wyróżnić ze względu na ich sporofit, który jest raczej niewielki i ma swoistą budowę. Przede wszystkim, posiada podziemne kłącza z których wyrastają łodyżki i korzenie przy byszowe. Na uwagę zasługuje segmentowy charakter łodygi, w tym wypadku charakteryzuje się węzłami i międzywęźlami. Za pomocą bocznych odgałęzień pęd przypomina swoim wyglądem choinkę. Skrzypy są dwupienne, jednakże mogą być podzielone na zarodnionośne i płonne. Zarodnionośny występują na wiosnę, i dźwiga na szczycie kłos zarodnionośny w którym znajdują się zarodniki. Natomiast pędy płonne, są zielone i znacznie rozgałęzione. Przykładem jest skrzyp olbrzymi.
Ostatnią grupą są paprocie, które są w przeciwieństwie od dwóch pierwszych kategorii są zróżnicowane morfologicznie. Wśród paproci możemy wymienić nasięźrzałowe, cienko zarodnikowe i salwiniowe. Z charakterystycznych cech, warto wspomnieć o liściach które najczęściej tworzą pióropusz. Liście zarodnionośne nigdy nie tworzą kłosa. Zarodnie występują zazwyczaj na spodzie liścia, tworząc kupki zarodni. Chociaż w tym zakresie, mogą się różnić grubością ścianki.